荧光蛋白激发光源应用于植物和动物研究实验室，为广大动植物研究的科研工作者带来了诸多的便利，以下为荧光蛋白激发光源常见应用：

　　1、有时候，研究者们需要对小鼠的伏隔核进行穿孔，以便进一步生化分析。如果能观测到共转染的荧光，就能很容易找到正确的穿孔部位。研究者们就可以用单荧光蛋白观测手电筒来观测荧光，从而找到正确穿孔位置的。研究者从小鼠大脑中提取GFP标记的背纹体。他们把这比喻成：从一个大一点的燕麦片中分离出一块小的燕麦片，这是很困难的。但是他们用的单荧光蛋白观测手电筒，就很容易看到大脑中的目标区域，从而让解剖更准确。

　　2、用单荧光蛋白观测手电筒，可以很快的检测样本是否染色成功。

　　3、用于结核分枝杆菌重组株的筛选，在结核分枝杆菌中成功构建了高效同源重组系统,利用该系统构建了rv1364c、pstP跨膜区、pstP胞外区三个突变株,得到双交换突变株的效率为25％-62.5％,从双交换突变株得到无痕缺失突变株的效率为100％.通过gfp作为荧光标记基因,利用激发光源和荧光观测眼镜,可以对平板上的基因缺失株直接进行快速判定。